一連の地震により激しい揺れに見舞われた地域では、多くの建物が倒壊したほか、地震の影響による土砂災害が発生しました。
　さらに、梅雨前線等により6月19日から続いた大雨は、地震で地盤が緩んだところに土砂災害を生じさせるなど二次的な被害をもたらし、これらの災害によって、死者255人、重傷者1,189人、軽傷者1,606人（平成30年1月12日現在）と多くの人的被害が発生しました。
　また、全壊、半壊及び一部破損を合わせて約20万戸の住家被害が発生するなどの甚大な被害が発生しました。

地震に見舞われた地域の住民は、小中学校や公民館等の公共施設をはじめとする避難所に避難し、熊本県では、最大で855箇所の避難所に18万人以上、大分県では、311箇所の避難所に1万2千人以上の住民が避難しました。
　避難生活が長期化する中、相次ぐ余震に対する不安から、屋外において避難生活をする被災者が多く、車中泊避難し、狭い座席に長時間座っていたことから、エコノミークラス症候群を発症した方も多く見受けられました。

　この地震では、道路、電気、通信設備等のインフラ施設にも多大な被害が発生しました。
　熊本県内の5市町では、災害対策の拠点となる庁舎が損壊するなどして、その機能を移転せざるを得ず、被災者支援などの応急対策業務にも支障が生じたことから、庁舎の耐震化を推進することや、代替庁舎を特定しておくといった、行政が被災時においても災害対応業務を継続できる体制を確保することの重要性が改めて認識されました。