緊急消防援助隊の運用の中心となる「消防応援活動調整本部」の設置について、発災当日の１８時４０分に消防庁から調整本部設置の事前調整の対応依頼がありました。新潟市消防局では、直ちに新潟県災害対策本部へ消防局参事以下３名が出向し、新潟県と調整を行いました。
　１９時２０分、新潟県知事から消防庁長官に対し、消防組織法第２４条の３第１号に基づく緊急消防援助隊の派遣要請が行われ、１９時２５分に新潟県災害対策本部内に「消防応援活動調整本部」が設置されました。その構成は、新潟県知事、緊急消防援助隊指揮支援部隊長である仙台市消防局職員、消防庁派遣職員、受援側の都道府県の代表消防本部である新潟市消防局職員及び被災地市町村派遣職員などでした。
【説明文に修正を加えています（平成23年12月時点）】

　（緊急消防援助隊）調整本部は、新潟県災害対策本部内の同一のフロアーに設置され、同様に新潟県警、自衛隊、海上保安庁、気象庁などの関係機関の本部も設置されていたことから、各本部間でスムーズな情報の入手や共有化が図られました。