緊急消防援助隊では、応援の各部隊を、被災地に的確に割り振り、活動地域を決め、どこの都道府県隊がどこで活動するか、速やかに決定していくことが必要です。
　その役目を担うのが、被災地の属する都道府県の知事が設置する「消防応援活動調整本部」であり、緊急消防援助隊のいわゆる作戦本部のような機能を持つことになります。
　この「消防応援活動調整本部」は、以前は、「緊急消防援助隊調整本部」と言われていましたが、2008年（平成20年）5月に行われた消防組織法の改正に伴い、名称が変更されました。

　それは、被災地で活動するのは、緊急消防援助隊だけではなく、当該都道府県の航空消防隊による応援や都道府県内の市町村による消防応援、そして、地元の消防本部、消防団の活動などもあるからです。それらの被災地で活動する消防機関が、円滑に活動できるように総合調整等を行うということから、「消防応援活動調整本部」となりました。
　消防応援活動調整本部は、被災地の都道府県知事を本部長とし、都道府県の消防防災主管課職員や指揮支援部隊長、防災航空隊職員、代表消防機関職員、被災市町村の消防本部職員等で構成されます。
　消防応援活動調整本部の事務には、 ①緊急消防援助隊の部隊移動に関すること

②被災地を管轄する消防本部の消防隊、当該被災地の属する都道府県内の消防応援部隊及び緊急消防援助隊の消火、救助、救急活動、後方支援等の活動の調整に関すること

③各種情報の集約・整理に関すること

④自衛隊、警察等関係機関との連絡に関すること

などがあります。
　緊急消防援助隊の部隊移動については、都道府県の区域内に災害発生市町村が２以上ある場合において、緊急消防援助隊が活動している市町村以外の災害発生市町村の消防応援に関し、緊急の必要があると認めるときは、都道府県知事は、既に災害発生市町村において活動している緊急消防援助隊に対して、他の災害発生市町村に部隊移動することを指示することができるとしています。